El Comité Ejecutivo es el órgano de dirección y administración de la Agrupación y tiene las facultades de dirección general, administración y gestión ejecutiva general de la misma. La composición del comité ejecutivo está formada por:
Presidencia:
- Don Antonio Posadas Chinchilla, Secretario General de Investigación e Innovación la Consejería de Universidad Investigación e Innovación de la Junta de Andalucía.
Vocalías:
- Don Carlos Juan Closa Montero, Vicepresidente de Organización y Relaciones Institucionales del CSIC.
- Doña Margarita Paneque Sosa, Delegada institucional del CSIC en Andalucía.
- Doña María del Mar Cerbán Jiménez, Directora General de Planificación de la Investigación de la Junta de Andalucía.
- Don Antonio Albedi Odriozola, Director del Instituto de Astrofísica de Andalucía (IAA-CSIC).
- Doña Ángeles Isabel Díaz Beltrán, Catedrática de Física de la Universidad Autónoma de Madrid.